Panji lantas menerangkan, bahwa pada saat pertama kali Ponpes Al-Zaytun Indramayu didirikan, dirinya sudah menyarankan kepada seluruh santri membaca perjanjian lama dan baru.
"Saya sejak tahun pesantren ini berdiri, sudah menganjurkan baca buku perjanjian lama dan perjanjian baru," tandasnya.
Panji Gumilang pernah dikaitkan Negara Islam Indonesia atau NII, sebagai pimpinan komandemen wilayah KW 9 pada 2011 lalu.
Kala itu Panji Gumilang membantah keras bahwa dirinya merupakan Abu Toto, petinggi NII KW9. Lebih lanjut, Pada 11 Mei 2011 Suryadharma Ali yang kala itu menjabat sebagai menteri agama, sampai bertemu langsung dengan Panji Gumilang di Ponpes Al Zaytun untuk merespon isu NII ini.
Lepas dari isu NII, Panji Gumilang malah terseret kasus pemalsuan dokumen Ponpes Al Zaytun yang saat itu ditangani Bareskrim Mabes Polri.
Karena kasus tersebut, Panji Gumilang dinyatakan bersalah dan divonis 10 bulan penjara oleh Pengadilan Negeri Indramayu sehingga dijebloskan ke Lapas Indramayu pada 2015.
Dugaan pencabulan yang diduga melibatkan Pimpinan Ponpes Al Zaytun Panji Gumilang Pemimpin Ponpes Al Zaytun Indramayu ternyata pernah terlibat sebuah kasus kontroversial.
Panji Gumilang diduga telah melakukan pencabulan terhadap guru di Ponpes Al Zaytun pada tahun 2017 silam. Disebutkan bahwa seorang guru berinisial K melaporkan Panji ke polisi atas dugaan tindakan asusila tersebut. Sayangnya, hingga saat ini kasus belum menemui titik terang dan belum terselesaikan.