Kendati begitu, Mahfud sudah memberikan pernyataan resminya, bahwa Al-Zaytun tidak akan dibubarkan pemerintah. Alasannya lembaga pendidikan itu tidak bersalah, yang berkasus adalah Panji Gumilang secara personal.
Alasan lain yang membuat pemerintah tak mau membubarkan Ponpes yang berlokasi di Cianjur, Jawa Barat itu adalah menyelamatkan masa depan ribuan santri di Al-Zaytun. Mahfud mengakui Al-Zaytun memang punya jebolan dengan kualitas jempolan.
Nantinya Al-Zaytun bakal diambil alih oleh pemerintah dibina oleh Kementerian Agama.
