- Penghapusan penjelasan Pasal 10 sebagai akibat putusan Mahkamah Konstitusi no 79/PUU-IX/2011.
- Perubahan Pasal 15 dan penjelasannya terkait jumlah kementerian yang ditetapkan sesuai kebutuhan presiden.
- Perubahan judul BAB VI menjadi Hubungan Fungsional Kementerian dan lembaga pemerintah nonkementerian, lembaga nonstruktural, dan lembaga pemerintah lainnya. Perubahan ini sebagai konsekuensi atas penyesuaian terminologi lembaga nonstruktural yang diatur dalam perubahan pasal 25.
